平成18年1月に関西医科大学枚方新病院が開設し、関西医科大学附属病院は枚方病院と滝井病院に分かれました。
小児科も２つに分かれ、枚方病院小児科ではNICU（新生児、未熟児）、循環器、血液疾患、腎疾患など、急性期かつ重症度の高い疾患を主として診療し、滝井病院小児科では免疫・アレルギー、内分泌、代謝、神経、消化器、神経、心身症、軽度発達障害などの慢性疾患を主として診療することになりました。滝井病院小児科は小児の慢性疾患の成育医療を目指しています。基礎疾患のあるこどもを身体面だけではなく、神経発達面、心身面からみた全人的な医療と教育をしながら、じっくり成人になるまで関わっていきたいと考えています。

入院での特色
小児病棟は小児科以外の科の15歳未満のこどもを含めて収容できる病床は20病床です。関西医科大学滝井病院でもっとも新しい北館の２階に位置します。
急性期感染症などの日常ありふれた疾患ももちろん受け入れます。
紹介状があれば、火曜日、木曜日、土曜日は24時間対応、他の日は20時まで入院・緊急検査が可能です。
とくに得意とする分野は免疫・アレルギー（食物負荷試験、減感作療法、重症アトピー性皮膚炎の治療、院内学級を必要とする重症の喘息）、内分泌・代謝（肥満の治療、糖尿病の血糖コントロール）、神経・筋疾患（てんかんのコントロール、在宅ケアーにむけての指導、筋生検）、心身症（神経性食思不振症、不登校）です。小児病棟には院内学級が併設され、長期間（２週間以上）の入院でも普通学校と同様に学習することができます。病棟カンファレンスは看護師も含め、週３回施行しており、それぞれの専門分野のスタッフが違った角度から意見を交わし、全人的な小児医療を心がけています。

外来面での特色
慢性疾患をじっくり見ることを目標としていますので、予約が原則となります。
小児科外来はこども館として、一般成人とは別棟に位置しています。こどもが笑顔で集い、親しみがもてるような壁画やプレイルームを併設し、ドクターは白衣を脱いで、こどもが楽しくいられるようにアメニティーの充実をはかっています。患者さんはすべての急性期疾患、慢性疾患に対応できるように診療していますが、とくに得意な分野は免疫・アレルギー（食物アレルギー、気管支喘息、薬物アレルギー、アトピー性皮膚炎、免疫不全、好中球機能不全、好中球減少症）、内分泌・代謝（糖尿病、肥満、低身長、甲状腺疾患）、神経・筋疾患（てんかん、脳性麻痺、筋疾患、）、軽度発達障害（アスペルガー、自閉症、ADHD）、心身症（神経性食思不振症、不登校）、消化器（先天性幽門狭窄、胆道閉鎖症、ヒルシスプルング病、新生児肝炎、急性肝炎）、腎疾患（腎炎、ネフローゼ疾患、尿路感染症）です。
特殊な検査：慢性肉腫症の診断に必要な好中球機能、自己免疫性好中球の診断に必要な抗好中球抗体を随時行っています、また発達テストを軽度発達障害の子ども様に施行しています。その場合は自費診療となり予約制となります。
専門医の習得：スタッフは助教授以下6名でそれぞれの専門分野の医師が後期研修医や、初期研修医の指導に当たっています。当施設で習得できる専門医は、日本小児科学会認定医はもちろん、日本アレルギー学会専門医、日本心身症学会認定医、日本てんかん学会認定医、日本神経学会専門医と多岐にわたっています。学会によっても異なりますが、後期研修３年から５年でそれぞれの専門医の資格が習得できます。